鎌倉が滅んだ後、世の中は乱れ、北と南に分かれて争うようになった。「南北朝時代」の始まりであった。北と南に二つの都が生まれ、それぞれに帝を立てる。そんな時代に忍として生きる者たちがいた。貴族に生まれながらも官位が与えられずに釈然としない日々を送る吉野の奥深くにある「南朝」の忍・八尋。風賀の里に住む凄腕の「北朝」の忍・朧。彼らはそれぞれに神器奪回の命を受け仲間達と旅に出る。