エンジェルブレイドのオリジナルシリーズの３作目が遂に発売！捕らえられた聖流を救出するために、現れたエンジェルブレイド！その前に立ちはだかるダークマザーの大幹部であるクローエとイレーヌの２人！２対１と不利な戦いを強いられてしまうブレイド。絶体絶命のピンチに陥ったその時・・・もう１人のエンジェルブレイドの姿が！エンジェルエンダーと名乗る彼女は、自分はエンジェルブレイドのプロトタイプだと告げる。そして、エンジェルエンダーの助けもあり、反撃に転じるエンジェルブレイド！２人のブレイドの反撃に一時退散をするしかなくなるクローエとイレーヌ。辛うじて、勝利を手にするエンジェルブレイド。そして、平和が戻った学院に再び忍び寄る不吉な影が。ネイルカイザーによって、新たな力を得た学院長が聖流を狙い始める！捕らわれた聖流が、変身した学院長に蹂躙の限りを尽くされてしまう！それを察知した萌奈が、聖流を救出しに向うが・・・！