魔法世界より女王の命により人間界へ突然変異体の種を奪回するために降りてきたナツキ。しかし種人間との戦いで痛手を負い、雨に打たれて倒れていたところをちはやに助けれられる。ナツキは人間界に来た理由をちはやに話、さらに彼女が偶然にも数十万人にも一人しか存在しない魔法少女の素質を持っていることを告げる。ナツキとキスすることで魔法戦士カーマインに変身することが出来るようになるちはや…。そして魔法戦士として種人間と戦うことを決意するのだった。増殖する種人間…浄化を繰り返す二人。普段は小動物形態の姿でいるナツキも、ちはやの通う銘鳳学園へ行くために人間の姿をしているが、魔力がなくなると小動物形態に戻ってしまう。学園での生活は、一見穏やかなものに井見えるが…その裏には、種人間の魔の手がちはやとナツキの背後に迫る…!